非编码RNA（Non-coding RNA）
覆盖miRNA、lncRNA、circRNA等六大类型的基础鉴定与表达定量，差异分析与功能富集，靶基因预测与ceRNA网络构建，疾病标志物筛选，RNA修饰与结构分析，单细胞/空间转录组分析，以及多组学整合分析。提供从原始测序数据到临床转化应用的7个标准化流程。
核心分析流程（7个标准化流程）
NC-RF001
中级非编码RNA基础鉴定与表达定量
2-4h
从原始测序数据到标准化表达矩阵的完整链路，覆盖miRNA、lncRNA、circRNA、piRNA、snoRNA、tsRNA六大类型。
推荐工具：
查看流程FastQCTrim GaloreBowtieSTARmiRDeep2StringTieCIRI3
NC-RF002
中级差异表达与功能富集
3-4h
基于原始计数矩阵的差异表达分析，双梯度阈值筛选策略，支持GO/KEGG/ceRNA功能富集。
推荐工具：
查看流程DESeq2edgeRlimma-voomclusterProfilerNoRCEGSEA
NC-RF003
中高靶基因预测与ceRNA网络构建
3-5h
miRNA靶基因预测、lncRNA/circRNA-miRNA互作分析，含超几何检验与表达相关性的ceRNA网络统计验证。
推荐工具：
查看流程miRandaTargetScanRNAhybridLncTarGDCRNAToolsCytoscape
NC-RF004
高疾病关联与标志物筛选
4-6h
LASSO/Cox预后风险模型构建，Z-score标准化评分表达式，含AUC/C-index评估与临床决策曲线分析。
推荐工具：
查看流程glmnetrandomForestsurvivalpROCPanGIA
NC-RF005
中高RNA修饰与结构分析
3-5h
RNA修饰位点推断（m6A等）、MeRIP-seq峰调用、二级结构预测与修饰-功能关联分析。
推荐工具：
查看流程HAMRLNCRNAfoldMACS2MeTPeakexomePeak2
NC-RF006
高单细胞与空间转录组分析
4-6h
单细胞ncRNA鉴定定量、细胞类型特异性ncRNA筛选、空间转录组表达定位与调控网络推断。
推荐工具：
查看流程SeuratScanpyELATUSnf-core/scnanoseqASTRO
NC-RF007
高多组学整合分析
4-6h
ncRNA-CNV/甲基化/RBP互作组跨组学整合，通路活性评估，个性化药物敏感性排序。
推荐工具：
查看流程GDCRNAToolsLncRNACNVIntegrateRfRNCCRESCENTgINTomics
流程间协同关系
NC-RF001 非编码RNA基础鉴定与表达定量（通用基础设施）为所有下游分析提供原始计数矩阵与归一化表达矩阵。
NC-RF002 差异表达与功能富集NC-RF003 靶基因预测与ceRNA网络NC-RF005 RNA修饰与结构分析NC-RF006 单细胞与空间转录组
NC-RF001为基础流程，提供原始计数矩阵（差异分析）和归一化表达矩阵（可视化与建模）；NC-RF002/003/005/006为并行功能模块；NC-RF004为临床转化核心；NC-RF007为高级整合流程，可调用多个流程结果进行跨组学综合分析。
核心推荐工具
最新动态与计划
v
v1.0 正式发布
2026-04- NC-RF001 非编码RNA基础鉴定与表达定量（miRNA/lncRNA/circRNA/piRNA/snoRNA/tsRNA）
- NC-RF002 差异表达与功能富集（双梯度阈值策略 + NoRCE cis富集）
- NC-RF003 靶基因预测与ceRNA网络构建（超几何检验 + 偏相关性验证）
- NC-RF004 疾病关联与标志物筛选（Z-score标准化预后评分）
- NC-RF005 RNA修饰与结构分析（MeRIP-seq + 二级结构预测）
- NC-RF006 单细胞与空间转录组ncRNA分析
- NC-RF007 多组学整合分析（CNV/甲基化/RBP互作组）
v
计划更新 v1.1
预计 2026-07- NC-RF001 整合Nanopore直接RNA测序（dRNA-seq）分析模块
- NC-RF002 增加单细胞差异表达分析模块
- NC-RF003 整合空间转录组调控网络推断
- NC-RF004 增加深度学习预后模型模块
- NC-RF005 整合RNA结构组学（PARS/SHAPE）分析
- NC-RF006 增加空间转录组ncRNA表达定位增强模块
- NC-RF007 整合代谢组学与ncRNA关联分析